Systems Immunology

 

Responsables

Stoyan Ivanov et Claudine Blin, LP2M, UMR7370, CNRS, Université Côte d'Azur

Lieu

Campus Saint Jean d'Angély - Salle 3B48
Bâtiment SJA2

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Dates

Du 12 au 16 décembre 2022

Résumé
Des experts internationaux se réuniront à Nice du 12 au 16 décembre 2022 pour une Winter School intitulée : Systems Immunology organisée par l’Ecole Universitaire de Recherche Life and Health Sciences d’Université Côte d’Azur dans le cadre du programme IDEX.

Les conférences auront lieu à Nice.

Cette Winter School doit permettre aux étudiants d'acquérir les compétences suivantes :
  • Comprendre comment analyser des données OMICS
  • Acquérir des outils d'analyse OMICS spécifiques au métabolisme
  • Savoir appliquer ces outils d'analyse à l'immunométabolisme
Programme
Tous les jours de 9:00 à 17:00


Jour 1. Gene expression/RNA-seq approach/Phantasus

Alexey Sergushichev (Washington University/ITMO)
a. General introduction on gene expression analysis and bulk RNA-seq
b. Data exploration (using the web tool Phantasus)
c. Differential expression/pathway analysis (Phantasus)
d. Working with public datasets (Phantasus etc)


Jour 2. scRNA-seq from basics to applications, single-nuclei and Cite-seq

Maxim Artyomov and Konstantin Zaitsev (Washington University /LP2M, Nice)
a. General introduction on scRNA-seq approaches
b. Data exploration (using scNavigator)
c. Example of cancer immunology
d. Example of CITE-seq from human scRNA-seq in aging
 

Jour 3. Immunometabolism computational and applications

Alexey Sergushichev (Washington University/ITMO) and Maxim Artyomov (Washington University /LP2M, Nice)
a. Introduction on Immunometabolism
b. Working with network analysis (example of macrophage activation)
c. Metabolic analysis of single-cell RNA-seq data
d. Example of itaconate and immunometabolic regulation
 

Jour 4. Genetics

Nikita Artyomov (Nationwide Childrens Hospital/OSU)
a. Introduction on genetics
b. Introduction on GWAS, exome sequencing, whole genome sequencing
c. Immunological traits seen from human genetics
d. Example of genetic overlap between melanoma and vitiligo
 

Jour 5. Epigenetics – chromatin and DNA methylation

Maxim Artyomov (Washington University /LP2M, Nice)
a. Introduction into chromatin modifications and accessibility (chipseq/atac-seq)
b. Examples of chromatin modification and changes in activated immune cells (atac-seq pipeline)
c. Example of epigenetic regulation of dendritic cell development via specific enhancer
d. Introduction on DNA methylation and example from aging

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Intervenants

Dr. Maxim Artyomov (Washington University in Saint Louis)
Dr. Alexey Sergushichev (ITMO University/Washington University in Saint Louis)
Dr. Mykyta Artomov (Harvard University)

Prérequis
  • Très bonne maitrise de l'anglais (conférences exclusivement en anglais)
  • Bonnes notions en immunométabolisme
  • Notions de base en analyse OMICS
  • Les participants doivent venir avec un ordinateur portable pour les sessions pratiques du programme
Nombre de participants

Le programme prévoit des sessions pratiques pendant laquelle les participants analyseront des données OMICS. Pour faciliter l'interaction entre les intervenants et les participants pour ces sessions, le nombre doit être limité à 25.

Public ciblé

Cette école d'hiver est ouverte aux étudiants en master SV dans le cadre de leur UE outils, aux doctorants, aux post-doctorants, aux chercheurs et à toute personne intéressée par le sujet et répondant aux prérequis.

Une sélection sera effectuée sur la base d'un petit questionnaire au moment de l'inscription.

Modalités du contrôle de connaissances

Quizz

INSCRIPTIONS